Burghausen entstand vermutlich zwischen dem 6. und 8. Jahrhundert am Flussufer der Salzach als Zollstätte unter der Burg, die bis zum 16. Jahrhundert zur längsten Burganlage Europas erweitert wurde.
Im Jahr 1025 wird Burghausen erstmals urkundlich erwähnt als Reichsgut: Der spätere Kaiser Konrad II. setzt die "Grafen von Burghausen" zur Verwaltung des Fiskalgutes ein.
Im Jahr 1164 nimmt Herzog Heinrich der Löwe die Burg in seinen Besitz.
Nach der Burg (1180) kommt 1229 auch die schon stadtähnliche Talsiedlung in den Besitz der Wittelsbacher. Die Verleihung der Stadtrechte wird für einen Zeitpunkt kurz darauf vermutet, ist aber nicht durch Quellen belegt. Ab 1255, nach der ersten Teilung Bayerns, nimmt Burghausen einen politischen und wirtschaftlichen Aufschwung als zweite Residenz der niederbayerischen Herzöge. Haupteinnahmequelle ist der Handel mit Salz aus Hallein, das in Burghausen angelandet und auf dem Landweg weiter transportiert wird. Anlegestelle ist das jetzige Mautnerschloss (heute Seminargebäude der Stadt, genutzt vor allem von der Volkshochschule, darüber hinaus auch für Fotografie- und Jazzschulungen sowie für Kleinkunst- und Jazzveranstaltungen).
Im Jahr 1307 wird das bestehende präurbane Gemeinderecht als Stadtrecht kodifiziert. In der 1. Hälfte des 14. Jht. verleiht Kaiser Ludwig der Bayer der Stadt mehrere wichtige Privilegien. Ende des 14. Jht. wird Burghausen Verwaltungsmittelpunkt als Rentamt (Viztumamt). Unter den letzten drei niederbayerischen Herzögen Heinrich, Ludwig und Georg, genannt "die Reichen" (1393-1503), erlebt Burghausen eine Blüte- und Glanzzeit als zweite Hauptstadt Bayerns.
Nach dem Landshuter Erbfolgekrieg erhält Burghausen eines der vier Rentämter im neugeordneten Bayern (1505). Die Haupteinnahmequelle Salzhandel geht durch die Errichtung des herzoglichen Salzmonopols im Jahr 1594 verloren. In der Folge erlebt Burghausen einen mehr als 300 Jahre anhaltenden administrativen und wirtschaftlichen Niedergang:
Durch die Niederlassung der Wacker-Chemie GmbH (1914) setzt ein wirtschaftlicher Aufschwung ein.